Фамилия Щеплыгин — довольно редкая, и её происхождение напрямую связано с прозвищем, которое давали человеку по занятию или особенности внешности. Основа здесь — слово «щеплыга» или «щеплыга». В русских говорах это не просто щепка, а скорее худая, тонкая палка, лучина, а в переносном смысле — прозвище очень худого, сухощавого человека. Так могли назвать кого-то долговязого и тонкого, «как щепка», но с характерным диалектным оттенком.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность. Щеплыгин — значит «сын Щеплыги» или «человек из рода Щеплыги». Это типичная патронимическая (по отцу) или, точнее, прозвищная фамилия, которая закрепилась за потомками, когда прозвище стало наследственным. Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от основ на -а/-я, что мы и видим.

Вероятно, окончание на -ыг- (а не на обычное -иг-) выдает северное или северо-западное происхождение. В олонецких, архангельских, вятских говорах слово «щеплыга» бытовало именно в таком звучании. Поэтому географически фамилия Щеплыгин, скорее всего, имеет корни на Русском Севере или в Поволжье, куда уходили переселенцы. Это не московская и не южнорусская фамилия — там сказали бы просто «Щепкин» или «Щепин».

Есть и вторая, менее вероятная, но возможная версия: от слова «щеплыга» в значении «заноза» или «колючка». В таком случае прозвище могло достаться человеку с неуживчивым, колким характером. Однако первое объяснение — по внешнему виду — исторически правдоподобнее: прозвища по физическим приметам давали чаще, чем по чертам характера.

Однокоренных фамилий немного: Щепкин (самая известная, актёрская), Щепин, Щепачёв, Щепетов. Щеплыгин стоит особняком — из-за того самого редкого суффикса -лыг, который в современном языке почти не встречается. Это и делает фамилию ценной для историка: она сохранила живую диалектную форму, которая в письменных источниках XVIII–XIX веков почти не фиксировалась.