Фамилия Щипулина — женская форма, а мужская, Щипулин, образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или профессии с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывал на принадлежность: «чей сын?» — Щипулин, то есть сын или потомок Щипулы.

Основа фамилии — слово «щипуля» или «щипуль». В русских говорах так называли того, кто постоянно щиплется, придирается, или же человека с мелкими, цепкими пальцами. Но есть и более конкретная версия: в некоторых регионах «щипулей» именовали птицу — щегла, а также небольшой инструмент вроде щипцов или клещей. Прозвище могло закрепиться за ремесленником, работавшим с металлом, или за мастером, выщипывавшим перо у птицы. В словаре Владимира Даля «щипуля» — это ещё и «клещи» в псковских говорах, что тоже указывает на трудовую основу.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от полных форм (Иван — Иванов), модель на -ин характерна для основ, оканчивающихся на -а или -я. Щипулин — типичный пример такой схемы. Географически фамилия встречается в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Липецкой и Рязанской областях, где говор сохранил слово «щипуля» в значении «скряга» или «придира». Это не дворянская фамилия: она не попала в «Бархатную книгу» и родословные сборники, а бытовала в крестьянской и ремесленной среде.

Спорных версий происхождения у Щипулина немного. Иногда её пытаются связать с глаголом «щипать» в значении «рвать, драть», но это слишком широкое толкование. Более убедительно выглядит связь именно с конкретным прозвищем, а не с действием. Однокоренные фамилии — Щипачев, Щипунов, Щипков — тоже отсылают к тому же корню, но с другими суффиксами, что говорит о разных диалектных вариантах одного прозвища.