Фамилия Щубер — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Если вы её носитель, скорее всего, ваши предки жили на территории современной Западной Украины, в Польше, Словакии или среди еврейских общин Галиции и Буковины. Основа фамилии — немецкое или идишское слово Schuber, которое, в свою очередь, восходит к средневерхненемецкому schuochworhte — «сапожник». То есть перед нами типичная профессиональная фамилия, только не русская, а принесённая немецкими колонистами или еврейским населением, говорившим на идише. В польском языке это слово закрепилось как szewc, но в форме Щубер мы видим прямое заимствование именно немецкого корня.

Модель образования проста: фамилия не имеет славянских суффиксов (вроде -ов или -ин). Она застыла в форме чистой основы — прозвища, которое закрепилось за ремесленником. В русском языке такая бессуффиксная модель встречается редко и обычно указывает на позднее происхождение фамилии (XVIII–XIX века) или на то, что она пришла из другого языка. В данном случае второе очевидно: Щубер — это не русификация, а транслитерация немецкого Schuber, где «щ» передаёт немецкое «sch» (ш). На письме фамилия могла колебаться: в документах встречаются варианты Шубер, Шюбер, Щюбер, но современное написание с «щ» закрепилось в украинской и русской среде.

Интересно, что фамилия Щубер могла возникнуть и независимо в двух разных средах. У немецких колонистов (например, меннонитов, переселявшихся в Российскую империю при Екатерине II) она обозначала сапожника. У ашкеназских евреев, получивших фамилии в Галиции и на Волыни в конце XVIII — начале XIX века, она тоже означала то же ремесло, но записывалась уже по-русски или по-польски. В еврейской среде фамилия Шубер (Schuber) — одна из многих «профессиональных» фамилий, как Шнайдер (портной) или Фишер (рыбак). Различить, из какой именно группы вышли ваши предки, можно только по региону и вероисповеданию: католики-поляки, протестанты-немцы или иудеи.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком среди русских фамилий. Она не вписывается в типичную модель «имя/прозвище + суффикс». Поэтому для генеалогического поиска ключевое — не разбирать корень, а искать предков в метрических книгах католических и иудейских общин Западного края. Среди носителей фамилии нет широко известных исторических личностей, но это не значит, что история рода не прослеживается: в архивах Львова, Тернополя, Черновцов и Варшавы можно найти десятки записей о Щуберах — сапожниках, ремесленниках, мелких торговцах.