Фамилия Шебнев образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ев. Суффикс указывает на принадлежность («чей?»), то есть Шебнев — потомок человека по прозвищу Шебень. Основа здесь — не имя, а слово, которое в русских говорах имело вполне конкретное бытовое значение.

Корень «шебень» в диалектах означает мелкий камень, щебень, а также мусор, отходы. В. И. Даль фиксирует слово «шебень» в значении «каменная мелочь, битый камень». Отсюда и прозвище Шебень могли дать человеку по разным причинам: либо он занимался добычей или разбивкой камня (каменотёс, дорожный рабочий), либо был суетливым, «мелким» в делах — слово в переносном смысле приобретало оттенок «ершистый, бойкий человек». Второй вариант правдоподобнее: прозвища часто отражали характер, а не профессию.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России. Встречается в Тамбовской, Рязанской, Воронежской губерниях — регионах, где говор сохранил слово «шебень» в быту. Важно не путать с фамилией Шебнев, которая может быть вариантом написания от «шибкий» (скорый, быстрый) — но для Шебнева более вероятна связь именно с камнем или характером, так как суффикс -ев указывает на основу на мягкий согласный («шебень»), а не на твёрдый («шибок»).

Сословного барьера у фамилии не было: Шебневы встречаются и среди крестьян, и среди мещан. В документах XVIII–XIX веков фамилия фиксируется как «Шебневъ», с твёрдым знаком на конце, что типично для дореволюционной орфографии. Известных носителей, вошедших в крупные энциклопедии, нет — фамилия остаётся редкой, но узнаваемой благодаря прозрачной внутренней форме: она буквально «говорит» о предке, который либо работал с камнем, либо был человеком резким и непоседливым.