Фамилия Шебневы образована от прозвища или нецерковного имени Шебень. В русских говорах словом «шебень» называли мелкий камень, щебень, гравий, а также — в переносном смысле — неспокойного, бойкого человека, «ершистого», как каменная крошка. Встречается и глагол «шебенить» со значением «суетиться, вертеться, егозить». Таким образом, основа фамилии могла указывать либо на род занятий предка (добытчик или торговец камнем, строитель), либо на его характер — непоседливый, резкий.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на мягкий согласный прибавили патронимический суффикс -ев (Шебень → Шебнев). Форма без беглой гласной (Шебнев, а не Шебенев) встречается реже, но именно она закрепилась в официальных документах. Фамилия не относится к самым распространённым, но имеет устойчивую географию: по данным переписей и метрических книг XIX — начала XX века, Шебневы чаще всего фиксировались в центральных губерниях России — Владимирской, Московской, Тверской, а также в Поволжье. Это согласуется с диалектной зоной бытования слова «шебень».

В ономастических справочниках фамилию обычно связывают с прозвищной основой, а не с крестильным именем. Борис Унбегаун в «Русских фамилиях» относит подобные образования к группе, производной от названий предметов, материалов и сырья. Версия о происхождении от тюркского корня (например, от «шеб» — ночь) не находит ни лингвистического, ни исторического подтверждения и считается натянутой.

Интересная деталь: в некоторых говорах «шебень» означал не только щебень, но и сорную траву, бурьян. Это расширяет возможный круг прозвищ — так могли назвать человека, жившего на пустоши или занимавшегося расчисткой земли. Однако основная версия остаётся «каменной»: предок Шебневых, скорее всего, имел дело с камнем либо получил прозвище за неусидчивый нрав, который сравнивали с колким щебнем.