Фамилия Шеченков — одна из тех, где за привычным суффиксом -ов скрывается неочевидная основа. На первый взгляд кажется, что корень «Шеченк-» отсылает к украинской модели на -енко, но в русской фамилии суффикс -ов переработал её в патроним: Шеченков — это «сын Шеченка», а сам Шеченко — уменьшительная форма от какого-то имени или прозвища.

Самая вероятная версия — происхождение от уменьшительной формы крестильного имени. В старых русских говорах «Шечка» или «Шечко» могло быть ласкательным вариантом от имени Шестой (по счёту детей в семье) или от канонического имени Степан (через форму Стечко). Чередование «с» и «ш» в диалектах — дело обычное, а суффикс -енко в восточнославянских землях указывал на младшего или сына. Таким образом, Шеченко — это «маленький Шечко» или «сын Шечка», а Шеченков — уже русская адаптация этой формы с фамильным окончанием -ов.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с прозвищем Шеченя, которое могло относиться к человеку с необычной походкой (от глагола «шечить» — ходить вразвалку, ковылять). В некоторых говорах «шечень» означало и нечто неряшливое, небрежное. Однако прозвищная этимология уступает именной: фамилии на -енков чаще всего образовывались именно от имён, а не от нарицательных слов.

Географически фамилия Шеченков тяготеет к южнорусским областям — Курской, Воронежской, Белгородской, где веками пересекались русские и украинские диалекты. Именно там модель «Имя + енко» давала прозвище, которое потом русифицировали при записи в ревизские сказки. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, а само имя-основа могло быть как церковным, так и мирским, бытовым.

В написании фамилии встречается вариант «Шеченков» с двойным «н» — это ошибка переписчиков, которые путали суффиксальное -ов с окончанием -ев. Но правильная историческая форма — одна «н», потому что основа Шеченк- плюс суффикс -ов даёт именно такое звучание.