Фамилия Шеганова — женская форма фамилии Шеганов. Её основа — прозвище или некалендарное имя Шеган. В русской ономастике это слово обычно связывают с диалектным глаголом «шегать» — бить, хлестать, стегать. Человек, получивший такое прозвище, мог отличаться крутым нравом, резкостью в суждениях или, наоборот, быть мастером по работе с кнутом, плетью — например, кучером или пастухом.

Модель образования проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность. Шеганов — буквально «сын Шегана» или «из рода Шегана». Это типичная патронимическая фамилия, которая закрепилась в центральных и южнорусских областях, где были распространены прозвища на -ан. Встречаются и однокоренные фамилии: Шегаев, Шегалин, Шеглов — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами.

Есть и менее очевидная версия: в некоторых говорах «шеган» — это вариант слова «шаган», то есть молодой баран, ягнёнок. В таком случае прозвище могло быть ироничным и относиться к покладистому, безобидному человеку. Однако первое объяснение — через действие — встречается в словарях русских фамилий чаще и считается более вероятным для большинства регионов.

Фамилия не относится к числу дворянских или старых княжеских. Скорее всего, предки носителей фамилии Шегановы были крестьянами или посадскими людьми, жившими в XVI–XVII веках. В переписных книгах того времени встречаются отдельные записи о крестьянах Шегановых, например, в Калужской и Тульской губерниях. Точной даты первого упоминания назвать нельзя — данные разрознены, но фамилия явно сформировалась до отмены крепостного права.

Сегодня фамилия Шеганова — редкая, встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что может указывать на миграцию носителей в ходе освоения новых земель.