Фамилия Шегина — женская форма фамилии Шегин, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. В русской традиции фамилии на -ин чаще всего образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я: от прозвищ, имён или названий профессий. Основа «Шег-» здесь ключевая, и она не самая прозрачная.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «шега» или «шег». В северных и сибирских говорах «шега» — это не только река или протока, но и прозвище для человека с необычной походкой, неуклюжего или, наоборот, вертлявого. В некоторых областях «шегой» называли бойкого, пронырливого человека. В этом случае Шегин — потомок того, кого в деревне прозвали Шегой. Модель образования типична: прозвище на -а дало фамилию с суффиксом -ин, как, например, Бородин от Борода.

Реже фамилия могла восходить к тюркским корням, где «шег» означало «знак», «метка» или даже «шах» (через искажение). Но для центральной России это маловероятно: географически фамилия Шегина встречается в основном в северных областях (Архангельская, Вологодская) и на Урале, что поддерживает версию о севернорусском диалектном прозвище.

Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется как дворянская, что типично для прозвищных фамилий из народной среды. Сравните с однокоренными: Шегалов, Шеглов — все они восходят к той же диалектной основе, но различаются только суффиксами.

Коротко: предки Шегиных, вероятно, жили на Русском Севере, и родоначальник получил прозвище за характер или повадку. Точное значение сегодня уже не восстановить — слишком много местных значений у слова «шега», но ясно, что оно не связано с ремёслами или церковными именами, а чисто бытовое, деревенское.