Фамилия Шегин — одна из тех, где за короткой основой может скрываться и прозвище, и имя, и даже географическое название. Её ядро — корень «шег-», а суффикс «-ин» указывает на принадлежность: чей? — сын Шеги. То есть фамилия образована от личного имени или прозвища Шега, Шег.

Самая прямая версия — от слова «шег» в северных и сибирских говорах, где оно означало «щегол», птицу. Прозвище Щегол (или Шегол) давали щеголеватому, нарядному человеку или, наоборот, крикливому и заметному. В этом случае Шегин — фонетический вариант фамилии Щегин, где начальное «щ» в произношении упростилось до «ш». Такое смешение характерно для ряда русских диалектов, особенно для юга и запада.

Менее очевидная, но возможная версия — от тюркского имени Шега, Шеги (уменьшительное от Шегай, Шегир), которое могло попасть в русскую среду через татарские или башкирские контакты. В ряде тюркских языков корень «шег» связан с понятиями «радость», «праздник», «веселье». В этом случае предок носителя фамилии мог быть выходцем из татарского рода, принявшим православие, — таких семей в XVI–XVII веках было немало.

Третья, более редкая гипотеза — топонимическая. В Вологодской и Костромской областях встречаются деревни с названием Шега (например, Шега в Сокольском районе). Житель такой деревни мог получить прозвище Шега, а его потомки — фамилию Шегины. Но эта версия слабее: прозвища по названию деревни обычно оформлялись суффиксом «-ский» (Шегинский), а не «-ин».

В документах фамилия встречается нечасто, но устойчиво фиксируется в центральных и северных губерниях — Владимирской, Ярославской, Вологодской. В XIX веке Шегины — в основном крестьяне и мещане, реже — купцы. Сословный барьер невысок: фамилия явно народная, без дворянского оттенка.

Если выбирать между версиями, самая вероятная — происхождение от прозвища Шега (Щегол), с диалектным изменением «щ» в «ш». Это даёт и яркий образ предка — заметного, нарядного человека, и вписывается в типичную для русских фамилий модель «прозвище + -ин».