Фамилия Шегусов — редкая и по-своему загадочная. Её ядро — основа «Шегус», которая не встречается ни в древнерусских святцах, ни в списках распространённых прозвищ. Скорее всего, она восходит к тюркскому или финно-угорскому корню, приспособленному к русской словообразовательной модели на -ов. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Шегусов буквально значит «сын (или потомок) Шегуса».

Что могло означать имя Шегус? В тюркских языках есть слово «шег» (шег — «шах», «царь» в диалектах) или «шиг» (соперник, противник), но точных параллелей нет. Более правдоподобна версия, что это искажённое или обрусевшее имя-прозвище из языков народов Поволжья или Приуралья. Например, в марийском языке есть основа «шеге» (острый, колкий) или «шӱгӧ» (осока, трава). В таком случае прозвище Шегус могли дать человеку с острым языком или живущему у зарослей осоки.

Другая гипотеза — связь с мордовскими (эрзянскими) личными именами, где встречается корень «шег» (род, племя). Но в документах XVII–XVIII веков фамилия Шегусов не фиксируется — это говорит о её позднем оформлении, скорее всего, не ранее середины XIX века, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам отцов.

География фамилии сегодня узкая: носители встречаются в основном в Самарской, Оренбургской областях и в Татарстане. Это совпадает с зоной активных контактов русского, тюркского и финно-угорского населения. Предки Шегусовых, вероятно, были государственными или помещичьими крестьянами, получившими фамилию по прозвищу первого носителя — человека по имени или по характеру Шегус. О дворянском происхождении или принадлежности к духовенству фамилия не говорит: нет ни суффикса -ский, ни упоминаний в родословных книгах.