Фамилия Шегусова — женская форма, мужской вариант — Шегусов. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Шегус. Слово это редкое, и его происхождение вызывает споры, но самая вероятная версия связывает его с тюркскими языками, где корень «шег» или «шиг» мог означать «острый», «колючий» или же отсылать к понятию «шип», «игла». В таком случае Шегусом могли прозвать человека с острым языком, колкого, язвительного, либо, наоборот, мастера, работавшего с иглами или шипами — например, портного или сапожника.

Менее распространённая версия выводит основу из тюркского слова «шег» в значении «край», «граница». Тогда прозвище могло закрепиться за человеком, жившим на окраине села или на границе земель. Эта гипотеза слабее, потому что в русских фамилиях тюркские корни чаще связаны с личными качествами или профессией, чем с географическим положением.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов (-ев) указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Шегуса». Фамилия могла возникнуть в среде служилых людей или крестьян, контактировавших с тюркским населением, особенно в южных и поволжских регионах. Ареал бытования фамилии Шегусовых сегодня тяготеет к Ростовской области, Краснодарскому краю и некоторым районам Северного Кавказа — это косвенно подтверждает тюркскую версию.

Однокоренных фамилий немного: встречаются Шегунов, Шеглов, но они образованы от других основ. Шегусова стоит особняком — редкий случай, когда прозвище не получило широкого распространения и осталось в узком семейном кругу.