Фамилия Шехинов образована от прозвища или имени Шеха. Основа Шех- в русских фамилиях встречается нечасто, и её происхождение неоднозначно. Самая вероятная версия — связь с тюркскими языками, где «шех» (или «шах») означает «царь», «владыка», «господин». В этом случае прозвище Шеха мог получить человек властный, влиятельный или просто тот, кого в шутку величали «царьком». Такие прозвища были распространены в среде служилых людей и крестьян, особенно в районах, где русское население контактировало с тюркским — на юге, в Поволжье, в Приуралье.

Менее распространённая, но возможная версия — от арабского «шейх» (старейшина, духовный наставник). В русской среде это слово могло превратиться в просторечное Шеха или Шех, а затем — в фамилию с типичным русским суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — Шехин, то есть сын или потомок Шехи.

Суффикс -ов в фамилии Шехинов — вторичный. Сначала, вероятно, возникла форма Шехин (от Шехи), а затем, по аналогии с более массовыми моделями, к ней добавили -ов, чтобы фамилия звучала привычнее для уха. Такие случаи — не редкость: люди могли сменить окончание при переписи или переезде.

Фамилия редкая, в исторических документах почти не встречается. В современной России её носители живут в основном в центральных областях и на Урале, что подтверждает версию о позднем закреплении фамилии в крестьянской среде после отмены крепостного права. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — её происхождение сугубо народное, прозвищное.