Фамилия Шеклеина — это женская форма, а мужская, соответственно, Шеклеин. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени, оканчивающегося на согласный, с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей сын?»). Разбор редкой основы даёт сразу несколько возможных версий, и ни одна из них не является очевидно главной.

Самая прямая гипотеза — связь с диалектным глаголом «шеклать». В некоторых северных и сибирских говорах «шеклать» означало «чавкать», «сосать» или, в переносном смысле, «плакать, хныкать». Прозвище Шекла могли дать капризному ребёнку или взрослому, который имел привычку громко причмокивать во время еды. Менее распространённое значение «шеклать» — «бить, хлестать», тогда прозвище могло относиться к человеку с резким, агрессивным характером или к тому, кто работал с поркой (например, на конюшне).

Вторая версия — топонимическая. Фамилия могла закрепиться за выходцем из места с похожим названием. Например, существует деревня Шеклеино в Кировской области, а также несколько урочищ с корнем «Шекл-» в Пермском крае и на Урале. В таком случае фамилия указывает не на качество человека, а на его географическое происхождение: «Шеклеин» — «родом из Шеклеина».

Третья, менее вероятная, но возможная гипотеза — связь с тюркским словом «шекле» (узорчатый, пёстрый) или «шекер» (сахар). Такое прозвище могло закрепиться за человеком с яркой внешностью или, наоборот, за сладкоежкой. Однако для фамилий центральной России этот корень нетипичен, а вот в Поволжье и на Урале, где русские и тюркские говоры веками контактировали, такая основа не исключена.

Сословный состав носителей фамилии Шеклеин неоднороден. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются как крестьяне (особенно в Вятской и Пермской губерниях), так и посадские люди. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это указывает на её простонародное, скорее всего, крестьянское или мещанское происхождение. Современные носители фамилии чаще всего встречаются в Кировской области, Пермском крае и Удмуртии, что подтверждает северно-уральский ареал её бытования.