Фамилия Шекова образована от прозвища Шек. Скорее всего, в его основе лежит морское понятие "шек", которое обозначает "нижний обвод, погиб корабельного носа, водорез". Вполне вероятно, что основатель рода Шековых занимался ремонтом морских судов. По другой гипотезе, прозвище Шек восходит к ингушскому слову "шеко" – "понятный, очевидный, уверенный" и указывает на особенности характера предка. Также не исключено, что прозвище Шек этимологически связано с черкесским словом "шэху" - "воск" или "свеча". Возможно также, что фамилия Шекова имеет армянские корни и ведет свое начало от слова shek, которое в переводе на русский язык означает "блондин". В таком случае фамилия указывала на внешний вид родоначальника Шековых. Маловероятной представляется связь фамилии Шекова с названием города Шеки, расположенного в Азербайджане севернее реки Кура. Соответственно, предок обладателя фамилии Шекова был уроженцем этого района. Сам же топоним, как полагают ученые, произошел от этнонима племени саков, появившихся в Азербайджане VII веке до нашей эры, и обитавших здесь несколько столетий. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шек, со временем получил фамилию Шекова.