Фамилия Шеков образована от прозвища Шека. Скорее всего, в его основе лежит морское понятие «шек», которое обозначает «нижний обвод, погиб корабельного носа, водорез». Вполне вероятно, что основатель рода Шековых занимался ремонтом морских судов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шека, со временем получил фамилию Шеков.