Фамилия Шекшуева образована от прозвища Шекшуй. Скорее всего, оно имеет чувашское происхождение и состоит из слов «шеке» - «палка» и «шуй» - «улитка». Возможно, в основе этого прозвища лежит татарское слово «шакшы» - «грязный». В этом случае Шекшуем могли называть неопрятного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шекшуй, со временем получил фамилию Шекшуева.