Фамилия Шершуева — женская форма от Шершуев, и её ключ к происхождению лежит в прозвище Шерш. В основе, скорее всего, лежит диалектное слово «шерш» — так в некоторых русских говорах называли шершня, крупную осу. Прозвище Шерш могли дать человеку с беспокойным, «жалящим» характером, сварливому или въедливому. В этом случае фамилия образована по простой модели: прозвище плюс патронимический суффикс -ев (Шерш → Шершев → Шершуев), указывающий на принадлежность: «сын Шерша». Форма Шершуев, а не Шершев, скорее всего, возникла под влиянием народного произношения — с растяжением гласного или сближением с глагольными формами.

Вторая, менее очевидная версия отсылает к глаголу «шершить» — делать шершавым, ерошить, а также к слову «шершавый» (шероховатый). Прозвище Шершавый или Шерш могло закрепиться за человеком с грубой кожей, неопрятной внешностью или, напротив, за мастером, работавшим с деревом и оставлявшим негладкую поверхность. Однако эта версия уступает первой: суффикс -уев в фамилиях чаще образуется от основ на твёрдый согласный (ср. Бородуев от Борода, Худяков от Худой), а «шершавый» дал бы Шершавов.

Географически фамилия Шершуева встречается в основном в центральных и северных регионах России — в Вологодской, Архангельской, Костромской областях, где диалектное слово «шерш» было в ходу. Это указывает на возможное происхождение из крестьянской или ремесленной среды, а не из дворянской. Среди однокоренных фамилий — Шершнёв (от «шершень»), Шершаков, Шерстобитов. Интересно, что Шершуев звучит как вариант с усечением: от «шершень» напрямую образовали бы Шершнёв, а Шершуев — более редкая, «окающая» ветвь. В документах XVI–XVII веков фамилию не зафиксировали, но прозвище Шерш встречается в писцовых книгах Новгорода и Пскова, что косвенно подтверждает древность основы.