Фамилия Шершухин — одна из тех, где простота звучания обманчива, а корень уводит в народную речь и бытовые прозвища. В её основе почти наверняка лежит слово «шершавый» — то есть шероховатый, неровный, негладкий. В русских говорах так могли назвать человека с жёсткой, сухой кожей, с огрубевшими от работы руками, а иногда и того, у кого был резкий, «шершавый» голос или неуживчивый характер. Модель образования типична для северных и центральных областей России: суффикс -ух- (как в словах «толстуха», «грязнуха») усиливал прозвище, делая его более ярким и конкретным, а затем к основе «Шершух(а)» добавился притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «сын Шершухи».

Особенность этой фамилии — в суффиксе -ухин. Такая словообразовательная модель встречается реже, чем стандартное -ов/-ев, и характерна для прозвищ, которые давали по яркой внешней или поведенческой черте. В ономастике это называют «антропонимической моделью на -уха/-ухин»; она часто фиксируется в новгородских и псковских землях, где сохранялась архаичная система прозвищ. Таким образом, первый носитель фамилии Шершухин был не просто «шершавым», а настолько заметным по этой черте, что прозвище закрепилось за его родом.

Встречается и более редкая, но правдоподобная версия: прозвище Шершуха могло быть связано не с качеством, а с действием — от глагола «шершить» (ерошить, топорщить, делать шершавым). Так могли прозвать ершистого человека, который постоянно «шерстил» — то есть бранился, задирался или спорил. В этом случае в фамилии сохранился не портрет внешности, а характеристика поведения.

Географически фамилия Шершухин встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда, что типично для прозвищных фамилий, не связанных с массовым ремеслом или сословием. В дореволюционных переписях носители фамилии могли быть как крестьянами, так и мещанами — прозвище не указывает на социальный статус, а лишь на личную особенность предка. В современной России Шершухины рассеяны: есть в Нижегородской, Кировской, Московской областях, но нигде не образуют крупных скоплений.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шершавин, Шершнев, Шерстобитов) показывает, что Шершухин стоит особняком: в ней нет ни указания на профессию, ни на материал (шерсть), зато есть прямая отсылка к тактильному ощущению или к характеру. Это редкий случай, когда фамилия сохранила почти дословное народное прозвище, не смягчённое и не переосмысленное со временем.