Фамилия Шелёный — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — прилагательное «шелёный» — сегодня почти не употребляется, но в русских говорах имела конкретное значение. В словарях Даля и областной лексики «шелёный» значит «обтёсанный, гладкий, строганый» (от глагола «шелить» — щепать, колоть, делать щепу). Таким образом, прозвище Шелёный могли дать либо плотнику, столяру, либо человеку с гладкой, чисто выбритой кожей — в противоположность «нешелёному», то есть небритому, косматому.

Суффикс -ый в фамилии — редкий случай для русской модели. Обычно фамилии образуются через -ов/-ев (Шелёнов) или -ин (Шеленин), но форма Шелёный сохранила исходное прилагательное без дополнительного суффикса, как, например, фамилии Толстой, Блаженный, Кривой. Такая модель характерна для южнорусских и украинских земель, где прозвища в форме чистого прилагательного чаще переходили в фамилии. Поэтому географически фамилия Шелёный скорее всего зародилась в чернозёмных областях России или на Слобожанщине.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным «шель» — щель, трещина. Тогда Шелёный — человек, живущий у оврага или расселины. Но против этого говорит грамматика: от «шель» логичнее было бы образовать Шелевой или Шельный, а не Шелёный. Ударение на ё тоже подсказывает, что в основе именно прилагательное от глагола, а не существительное.

Однокоренные фамилии — Шелехов, Шелухин, Шеленин — встречаются чаще, но все они восходят к разным ветвям одного гнезда: к щепе, стружке, обработке дерева. Шелёный стоит особняком как наиболее прямое указание на занятие предка: он был тем, кто «шелил» — тесал, строгал, делал деревянную посуду или детали избы. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или ремесленникам, поскольку прозвища по ремеслу в дворянской среде почти не встречались.

В современной России фамилия Шелёный крайне редка. По данным переписей и телефонных справочников, её носители живут в основном в Курской, Белгородской и Воронежской областях — что подтверждает версию о южнорусских корнях. Встречается также вариант написания Шеленный, но он может быть результатом ошибки в документах.