Фамилия Шелишпанова — редкий случай, когда женская форма встречается чаще мужской в справочных запросах, хотя по происхождению это типичная «матрешечная» фамилия: Шелишпанова — жена или дочь Шелишпанова, а тот в свою очередь — сын или потомок человека по прозвищу Шелишпан. Основа фамилии — прозвище Шелишпан, которое почти наверняка сложилось из двух частей: глагольной «шелить» (в диалектах — щепить, колоть, расщеплять, а также бить, хлестать) и существительного «шпан» (от немецкого Spahn — щепа, стружка, или от польского szpan — щепка, лучина). В русских говорах, особенно на юге и западе, «шпан» или «шпон» означало тонкую деревянную пластинку, дранку.

Таким образом, Шелишпаном могли прозвать мастера по изготовлению щепы, лучины или дранки — ремесленника, который «щелил шпан»: раскалывал чурбаки на тонкие пластины для кровли, плетения или растопки. Вторая версия, менее вероятная, но возможная — прозвище задиристого человека: «шелить» в переносном смысле означало «драться, сечь», а «шпан» в блатной и диалектной лексике XIX века иногда значило «мальчишка, мелкий воришка». Однако для крестьянской среды, где и сложилось большинство фамилий на -ов, первая, «ремесленная» версия убедительнее.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Шелишпанов — сын Шелишпана. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шелишпа́нов, хотя в разговорной речи возможны варианты. Фамилия географически привязана к южнорусским и западнорусским областям, где было распространено слово «шпан» и где активно бытовали глаголы с корнем «щел-/шел-» в значении «колоть, расщеплять». Это регионы бывшего Черноземья, Смоленщина, Брянщина, а также украинское пограничье.

В дореволюционных переписях фамилия не была частой — она оставалась локальной, цеховой, не уходя далеко от места, где жил род Шелишпановых. Сегодня носителей фамилии немного, и встретить её можно в основном в центральной России и на юге Урала, куда переселенцы уходили в XIX–XX веках. Мужской вариант — Шелишпанов — практически неотличим по происхождению, но в быту женская форма закрепилась прочнее, возможно, из-за большей известности какой-нибудь носительницы в советское время.