Фамилия Шелкинский — одна из тех, что сразу выдают своё географическое происхождение. Суффикс -ский указывает на то, что перед нами типичная «топонимическая» фамилия, то есть образованная от названия места. В отличие от массовых крестьянских фамилий на -ов/-ев, фамилии на -ский в XVIII–XIX веках чаще получали выходцы из духовенства, реже — дворяне по названиям своих поместий. Однако Шелкинский мог возникнуть и у простого человека, если тот переселился из села или деревни с похожим корнем.

Основа фамилии — «Шелк-», «Шелк-ин-» или «Шелк-ин-ск-». Самый прямой путь: село или деревня с названием Шелкино, Шелково или Шелкин. Такие топонимы встречаются в разных регионах России, особенно в центральных областях. Корень «шелк» в названии мог быть связан либо с ремеслом (шелководство, торговля шёлком), либо с личным прозвищем Шелк, которое давали человеку за мягкий характер или, наоборот, за любовь к красивой одежде. В русских говорах слово «шелк» иногда имело переносное значение — «льстец», «угодник».

Есть и менее очевидная версия: фамилия могла образоваться от названия реки или ручья Шелка, а тот, в свою очередь, — от финно-угорского корня, где «шелк» означает нечто узкое, извилистое (сравните с вепсским «šelk» — «спина, хребет»). Это предположение не стоит сбрасывать со счетов, если предки Шелкинских жили на севере или северо-западе России.

Словообразовательная модель проста: к топониму Шелкино (или Шелково) добавили суффикс -ский, что буквально означало «тот, кто родом из Шелкина». Такой способ типичен для фамилий, которые оформлялись в канцеляриях семинарий или при переписях населения. Если бы фамилия была крестьянской, она скорее имела бы форму Шелкин — без суффикса -ск-.

Среди известных носителей фамилии Шелкинский в дореволюционных источниках встречаются в основном лица духовного звания и мещане. В XIX веке фамилия фиксируется в Тверской, Смоленской и Московской губерниях. В советское время география расширилась, но численность носителей остаётся небольшой — это редкая фамилия, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска.