Фамилия Шелупанова — женская форма фамилии Шелупанов, и её основа — прозвище Шелупан. Чтобы понять её смысл, стоит заглянуть в народную речь и старые промыслы. Слово «шелупанить» в русских говорах означало «лупить», «сдирать кору», «обдирать». Поэтому Шелупаном могли назвать человека, занятого лущением — например, того, кто снимал лыко с липы для плетения лаптей, или чистил зерно от шелухи. Вторая, более бытовая версия — так дразнили неряху или того, кто «обдирает» других, то есть прижимистого и сварливого.

Суффикс «-ан» в прозвищах часто придавал грубоватый, простонародный оттенок (сравните: «голован» — большеголовый, «ухан» — ушастый). То есть Шелупан — это человек, чья профессия или черта характера бросалась в глаза и закрепилась за ним в повседневном общении. Фамилия образовалась по стандартной патронимической модели: сын Шелупана становился Шелупановым. Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Шелупа́нов.

В дореволюционных переписях эта фамилия встречается в основном на севере и северо-востоке России — в Вологодской, Архангельской и Вятской губерниях. Именно там был развит промысел по заготовке лыка и мочала, что делает «профессиональную» версию происхождения более убедительной, чем бытовая. Любопытно, что в тех же краях бытуют однокоренные фамилии Шелупаев, Шелупанов и даже Шелупак — все они отходят от одного корня, но с разными суффиксами, что говорит о древности прозвища.

Сословного барьера у Шелупановых не было: прозвище могли дать и крестьянину, и ремесленнику, и отходнику, уходившему на лесозаготовки. В XIX веке носители фамилии числились в основном среди государственных крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.