Фамилия Шелупанов звучит на слух как «шелуха», и это не случайно. Однако прямой связи с луковой шелухой здесь нет, хотя корень один. В основе фамилии лежит прозвище Шелупан. В русских говорах «шелупан» — это не только тот, кто шелушит (например, зерно или орехи), но и, по Далю, человек неряшливый или неопрятный, «ободранец», «оборванец». Вторая версия, более конкретная: шелупаном могли назвать плохого, тощего или мелкого работника, от которого «одна шелуха» — то есть мало проку. Возможна и профессиональная основа: в некоторых регионах шелупанами называли мастеров, сдиравших кору с деревьев для лыка или мочала.

Фамилия образована по самой распространенной русской модели: от прозвища на -ан (Шелупан) с помощью патронимического суффикса -ов. Суффикс -ан в прозвищах часто придавал оттенок просторечия или уничижения (сравните: болван, грубиян, мальчуган). Таким образом, Шелупанов — буквально «сын Шелупана». Фамилия довольно редкая, её географическое ядро, судя по современным данным, тяготеет к Среднему Поволжью и югу России, что может указывать на позднее закрепление фамилии в среде бывших однодворцев или государственных крестьян.

Интересно, что в некоторых говорах слово «шелупай» имело иное значение — «бестолковый человек» или «пустомеля». Поэтому не стоит исключать, что прозвище относилось не столько к внешнему виду, сколько к характеру предка. В любом случае, Шелупановы — это потомки человека, получившего прозвище по какой-то заметной, скорее всего, нелестной бытовой черте, что типично для крестьянской ономастики. Словарь Б. О. Унбегауна относит подобные фамилии к разряду образованных от прозвищ, связанных с физическими или моральными качествами человека.