Фамилия Шелупин образована от прозвища, которое, скорее всего, дали человеку с шелушащейся кожей или перхотью. В основе лежит глагол «шелупить» или существительное «шелупай» — так в ряде русских говоров называли человека с облезающей, шелушащейся кожей, особенно на лице или голове. Прозвище Шелупа или Шелупь было нелестным, но в крестьянской среде XV–XVII веков такие «физиологические» прозвища давали без злого умысла, просто как примету, и они легко становились фамилиями.

Модель образования типична для русского севера и центра: основа на твердый согласный («шелуп») плюс суффикс принадлежности -ин. Фамилия на -ин указывает на ответ на вопрос «чей?»: сын Шелупы, то есть Шелупин. По той же модели возникли Шелухин, Шелудяков, Шелунов — все они восходят к одному корню, но с разными суффиксами.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» фамилия Шелупин не упоминается, но однокоренные Шелухин и Шелудяков разбираются как типичные прозвищные образования от диалектных слов. Есть и более неожиданная версия: в некоторых говорах «шелупа» означало не только кожу, но и незрелый орех, а в переносном смысле — недоросля, молодого и неопытного парня. В этом случае прозвище могло относиться к младшему сыну или подростку.

Географически фамилия Шелупин встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда. По данным современных телефонных справочников, носители живут в основном в Центральной России и Поволжье, реже — на Урале. В дореволюционных переписях она фиксируется в Тверской, Ярославской и Костромской губерниях — это как раз зона бытования северного суффикса -ин и диалектной лексики.

Сословно Шелупины почти наверняка были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с этой фамилией не известно, в «Общем гербовнике» она не числится. Исключение составляют отдельные купеческие семьи, но их история не прослеживается по открытым источникам.

Сегодня фамилия звучит неблагозвучно из-за прямой ассоциации с «шелухой», но для носителя XVI века она была обычной бытовой характеристикой, как и многие другие «кожные» фамилии — Лыков, Плешивцев, Коростов.