Фамилия Шелупкин — один из тех случаев, где прозвище, данное человеку, оказалось настолько точным, что закрепилось в роду на века. В основе лежит слово «шелупка» или «шелупа» — так в русских говорах называли шелуху, кожуру, снятую кору, а также нечто мелкое, пустое или негодное. Однако ономастика редко берёт прямое словарное значение, чаще — переносное. Вероятнее всего, Шелупкой (или Шелупком) в народе прозвали либо человека маленького роста, «щепетильного» и худощавого (как шелуха, лёгкий), либо, напротив, болтливого и пустого — того, кто «мелет чепуху», то есть «шелуху». Второй вариант выглядит правдоподобнее: глагол «шелупить» в переносном смысле означал «болтать вздор», а «шелупень» — пустомеля. Так что первый Шелупкин мог быть не столько сутулым и мелким, сколько говорливым и несерьёзным — но прозвище прижилось.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе «Шелупк(а)» добавили притяжательный суффикс -ин. В русской ономастике фамилии на -ин обычно происходят от слов женского рода (на -а/-я) или от прозвищ, оканчивающихся на -а. «Шелупка» — как раз такой случай. Если бы прозвище звучало как Шелупок (мужской род), мы бы получили Шелупков. Обе фамилии существуют, но Шелупкин встречается чаще, что указывает на устойчивость именно формы «Шелупка».

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям. Встречается в Курской, Воронежской, Тамбовской губерниях, а также на Дону. В переписях XIX века Шелупкины записаны преимущественно как крестьяне и однодворцы — потомки служилых людей, живших на южных рубежах. Однодворческое происхождение, кстати, многое объясняет: такие семьи часто носили прозвищные фамилии, закреплённые документально ещё в XVII веке. В ревизских сказках можно найти Шелупкиных, которые пахали землю, но при этом помнили, что их предки несли сторожевую службу.

Любопытная деталь: в некоторых говорах «шелупка» означала также «скорлупа» (от яйца или ореха). Это порождает альтернативную, но менее убедительную версию: прозвище могли дать человеку, который занимался лущением — например, очищал зерно или орехи. Однако ремесленных фамилий такого типа обычно больше (Лущилин, Шелушенков), а Шелупкин явно уходит корнями в личную характеристику, а не в профессию. Словарь Б. Унбегауна относит подобные образования к группе прозвищ по внешним или поведенческим признакам, и Шелупкин здесь стоит в ряду с Шелудяковым, Шелуховым и Шелупаевым.

В написании фамилия устойчива: двойных вариантов (через «о» или «а») почти не встречается, хотя в старых документах могли писать «Шелупкина» через ять — но это уже вопрос орфографии, а не происхождения. Фамилия редкая, но не исчезающая: её носители живут и в России, и в странах ближнего зарубежья, сохраняя память о том самом разговорчивом предке, которого окрестили Шелупкой.