Фамилия Шелупина — женская форма фамилии Шелупин, которая образована от прозвища или нецерковного имени Шелупа. Основа здесь — диалектное слово «шелупа», которое в русских говорах имело два основных значения: «шелуха, кожура» (то, что счищают) и, переносно, «нечто мелкое, никчёмное». Однако в ономастике чаще работают не с буквальным смыслом, а с тем, как слово становилось прозвищем.

Суффикс -ин указывает на модель образования «чей?»: Шелупа → Шелупин (сын Шелупы). Это типичная притяжательная форма для фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. В русской антропонимике такие фамилии — одни из самых древних, они фиксируются в документах уже с XV–XVI веков.

Главный вопрос: почему человека могли назвать Шелупой? Вероятнее всего, это прозвище по внешности или поведению. В словаре русских народных говоров «шелупой» могли назвать худого, щуплого человека — как будто «ободранного», лишённого плотности. Вторая версия — прозвище по занятию: «шелупить» значило чистить, обдирать (зерно, кору). Так могли прозвать того, кто занимался ручным обдирочным ремеслом, например, крупорушника или кожевника.

Географически фамилия Шелупин (и Шелупина) встречается в основном в центрально-чернозёмных областях России — Курской, Воронежской, Белгородской, а также на юге (Ростовская область). Это указывает на южнорусские говоры, где слово «шелупа» было в ходу. В северных регионах фамилия редка.

В отличие от более популярных фамилий на -ин (Иванов, Петров), Шелупин не связан с крестильным именем, а целиком держится на прозвищной основе. Это делает её типичным примером «фамилии-характеристики», где предок был назван не по отцу, а по личному качеству или ремеслу.

Спорных версий немного. Изредка фамилию пытаются связать с украинским «шелупа» (гнилой орех) или с польским «szełupa» (лодка-однодеревка), но для русских говоров эти значения неосновные, и связь маловероятна. Правдоподобнее всего — прозвище по внешнему виду или роду работ.