Фамилия Шемагонов образована от прозвища Шемагон, в основе которого лежит нарицательное «шемаг», имеющее значение «традиционный головной убор, пришедший с Востока (произошел от арабского тюрбана), изготовленный, как правило, из хлопковой ткани». Так, предок обладателя фамилии Шемагонов мог быть купцом, торговавшим платками, привезенными с Востока. Так и прозвище Шемагон закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шемагонов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шемагон, со временем получил фамилию Шемагонов.