Фамилия Шемегон — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет типичного русского суффикса -ов или -ин, что сразу наводит на мысль: перед нами не «сын Шемегона», а скорее застывшее прозвище или фамилия, образованная от тюркского или финно-угорского слова. Самый вероятный корень — тюркское «шеме» или «чиме», что в ряде диалектов означает «быстро», «прытко», а также может быть вариантом слова «чеме» (лодка, челнок). Вторая часть, «гон», может восходить к тюркскому «гун» (день) или «кюн» (солнце), но в сочетании с «шеме» правдоподобнее видеть здесь искажённое «кен» (широкий) или «гёль» (озеро). Однако есть и другая версия: в марийском языке «шем» означает «чёрный», а «гон» — суффикс принадлежности. Тогда Шемегон — это «чернец», «чёрный человек», прозвище по цвету волос или одежды. Третья, менее надёжная гипотеза, связывает фамилию с коми-пермяцким «шем» (сердце) и «гон» (пух, шерсть) — возможно, метафорическое прозвище мягкосердечного или пушистого человека.

С точки зрения словообразования, фамилия стоит особняком: она не оформлена русским патронимическим суффиксом. Это значит, что предок Шемегон получил прозвище, которое закрепилось за родом без изменений. Такие фамилии характерны для Поволжья и Приуралья, где веками жили рядом русские, татары, марийцы, удмурты и коми. Если ваш предок был из этих мест, то Шемегон могло быть не фамилией, а уличным прозвищем, которое потом перешло в официальные документы при переписях XIX века. Встречаются варианты написания: Шемегон, Шемегонов, Шемеганов — последние уже с русским суффиксом, что говорит о попытке «обрусить» фамилию.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шеметов, Шемякин, Шемшук — показывает, что основа «шем» встречается часто, но в разных значениях. Шеметов, например, восходит к тюркскому «шемет» (быстрый), а Шемяка — к «шеме» (прыть) с русским суффиксом. Шемегон же остался без такого оформления, что делает его особенно ценным для историков: он сохранил исходную форму прозвища, не переделанную под русскую грамматику.

Точных сведений о сословной принадлежности носителей фамилии нет, но, судя по географии, это могли быть государственные крестьяне или ясачные люди Поволжья, нередко смешанного происхождения. Встретить Шемегона можно в старых метрических книгах Казанской, Вятской или Пермской губерний. Фамилия редкая, и каждый её носитель — по сути, хранитель диалектного слова, значение которого уже почти стёрлось.