Фамилия Шемигон — одна из тех, где прозрачность обманчива. На слух она кажется иноязычной, но при разборе по модели оказывается типично восточнославянской, хоть и с редким корнем. Чтобы понять её происхождение, проще всего оттолкнуться от суффикса.

Суффикс -он в русских фамилиях встречается нечасто. Он характерен для прозвищной модели, где основа оканчивалась на твёрдый согласный, а само прозвище было образовано от глагола или существительного. В фамилии Шемигон суффикс -он указывает на то, что перед нами не отчество (как, например, Петров или Иванов), а прозвище, застывшее в форме именительного падежа. То есть предка звали просто Шемигон, без патронимического суффикса.

Корень «шеми-» — самый загадочный элемент. Самое правдоподобное объяснение: это вариант древнерусского глагола «шемить» (жать, давить, сжимать), который в диалектах мог означать «гнуть, мять, притеснять». В таком случае прозвище Шемигон могло получить человек, который «гнёт гон» — то есть либо гнёт (изготавливает) гоны (гонки, то есть деревянные детали, жерди или доски), либо, в переносном смысле, «гнёт» (притесняет) кого-то. Вторая часть — «гон» — ясна: это и гонка (работа), и расстояние, и участок земли (гон — полоса пашни), и даже гон в значении «охота». Поэтому возможно, что прозвище относилось к ремеслу: плотник, изготовлявший гоны для телег или заборов, или крестьянин, работавший на длинных гонах (полосах) земли.

Есть и другая, менее вероятная версия: «шемигон» как искажённое тюркское слово. В некоторых тюркских языках корень «шем» может означать «свеча» или «масло», а «гон» — день или дорогу. Но эта гипотеза слабая, потому что фамилия не встречается в регионах с сильным татарским влиянием, а суффикс -он для тюркских фамилий нетипичен.

В польском языке есть слово «szemigać» (шмыгать, бегать), но оно не даёт убедительной основы для прозвища. Скорее всего, Шемигон — чисто русская фамилия, возникшая в северных или центральных губерниях, где «шемить» бытовало в говорах. Сословно — почти наверняка крестьянская или ремесленная. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Однокоренных фамилий в русском языке практически нет. Можно вспомнить разве что Шемяка (от того же «шемить»), но это другая словообразовательная модель. Фамилия Шемигон редкая, и её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы, где прозвище закрепилось за конкретным родом.