Фамилия Шимигон — редкая и неочевидная с точки зрения привычных русских словообразовательных моделей. В ней нет типичного фамильного суффикса (-ов, -ин, -ский), что сразу указывает: перед нами не великорусская фамилия, а скорее западнославянская, балтийская или, что вероятнее, польско-белорусская по происхождению.

Скорее всего, основа Шимигон — это вариант фамилии Шимон или Шимко, образованный от канонического имени Симон (в просторечии Шимон). Суффикс -гон в польской и украинской антропонимии мог выполнять роль прозвищного или патронимического форманта, указывая на сына или слугу человека по имени Шимон. В таком случае Шимигон означал «сын Шимона» или «человек Шимона». Встречаются и параллельные формы: Шимоняк, Шиманский, Шимкович.

Вторая, менее вероятная, но интересная версия отсылает к литовскому корню šim- (сто) или šimtas (сотня). В таком случае Шимигон могло быть прозвищем сотника, человека, командовавшего сотней, или же того, кто имел сто чего-либо (земли, скота). Однако для литовских фамилий более характерны окончания -ас, -ис, -ус, поэтому эта гипотеза слабее.

Географически фамилия Шимигон встречается в основном в Польше, Беларуси и среди потомков эмигрантов из этих регионов. В России она единична. Поскольку фамилия не получила массового распространения, её носители, вероятно, происходят из одной небольшой местности или рода, где прозвище закрепилось как наследственное.

О социальном статусе предков-Шимигонов судить сложно. Отсутствие дворянского суффикса -ский и простота основы указывают скорее на крестьянское или мещанское происхождение. В XVIII–XIX веках такие фамилии часто фиксировали у жителей местечек и деревень западных губерний Российской империи.