Фамилия Шемыгон — редкий случай, когда географическое и профессиональное происхождение переплелись в одном слове. В отличие от большинства русских фамилий на -ов и -ин, эта образована не от имени или прозвища, а напрямую от названия занятия, что сразу выделяет её из ряда.

В основе фамилии лежит слово «шемыга» (или «шемыга» с ударением на второй слог). В северных и центральных говорах России так называли кожевенный отжим — инструмент, которым сдирали мездру и размягчали шкуры. Шемыга представляла собой деревянный нож или скребок с закруглённым лезвием. Соответственно, «шемыгон» — это мастер, работающий шемыгой, то есть кожевник, скорняк или выделыватель шкур. Фамилия закрепилась за человеком по его ремеслу, как, например, Кузнецов или Плотников, но с более узкой и редкой специализацией.

Суффикс -он в этой модели нетипичен. Обычно русские фамилии от названий профессий образуются с помощью -ов (Кожевников) или -ин (Швецов). Здесь же мы видим архаичную или диалектную форму: слово «шемыгон» могло быть живым прозвищем, которое в некоторых регионах употреблялось как самостоятельное обозначение мастера. Со временем оно превратилось в фамилию без дополнительных суффиксов, что говорит о её раннем закреплении и, возможно, о том, что первый носитель был хорошо известен именно этим ремеслом.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России. Наибольшая концентрация носителей Шемыгон фиксируется в Псковской области и прилегающих районах Беларуси. Это совпадает с ареалом распространения слова «шемыга» в значении «скребок». В южных и восточных регионах России фамилия практически не встречается.

Встречается также вариант написания Шемигон, который мог возникнуть из-за аканья или неверной записи в документах. Однако исходная форма с буквой «ы» («шемыга») более точно отражает этимологию. Связывать фамилию с личным именем Шема (краткая форма от Семён или Шемяка) ошибочно: суффикс -гон в таком случае необъясним, а профессиональная основа очевидна.

Таким образом, предки современных Шемыгонов были ремесленниками, работавшими с кожей, — скорее всего, в небольших деревнях или слободах, где каждый мастер знал друг друга по инструменту. Фамилия сохранила не только занятие, но и диалектное слово, которое сегодня почти вышло из употребления.