Фамилия Шепнягова — женская форма, а мужская — Шепнягов. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Шепняг. Слово это тёмное, и здесь приходится выбирать между несколькими версиями, ни одна из которых не является бесспорной.

Самая вероятная версия связывает Шепняга с диалектным глаголом «шептать» или «шепнуть». В старых русских говорах «шепня» могли называть человека, который говорит тихо, шепотом, или же, наоборот, наушника, ябедника. Суффикс -яг/-як в русских прозвищах часто придаёт слову оттенок характерности: «шепня» — человек, склонный к шептанию, а «шепняг» — тот же смысл, но в более грубой или простонародной форме. Сравните: «гуляка» — от «гулять», «растяпа» — от «растяпать». Таким образом, Шепняг — человек, получивший прозвище за манеру речи или за склонность к сплетням.

Менее убедительна версия о связи с названием растения «шептуха» или с каким-то местным словом, обозначающим шорох, шелест. В ономастических словарях фамилия Шепнягов не зафиксирована у ведущих исследователей (Унбегауна, Веселовского, Никонова), что говорит о её редкости и, возможно, узкорегиональном происхождении. Можно предположить, что её очаг находится в северных или центральных областях России, где диалектные формы на -яг встречаются чаще.

Модель образования проста: суффикс -ов/-ев присоединился к основе Шепняг, дав отчество-фамилию «сын Шепняга». Фамилия могла возникнуть не раньше XVI–XVII веков, когда такие формы стали массово закрепляться за крестьянством и посадскими людьми. Сословной принадлежности предков определить по фамилии невозможно — Шепняговы могли быть как крестьянами, так и мещанами. Сведений о дворянских родах с такой фамилией нет.