Фамилия Шептилис — почти наверняка литовского происхождения. Об этом говорит её основа и характерный суффикс -ис, который в литовском языке указывает на мужской род и является стандартным окончанием фамилий (как -ас, -ис, -ус). В русском языке такие фамилии часто не склоняются или склоняются по образцу существительных мужского рода.

Корень «шепт-» в литовском языке восходит к слову šepetys — «щётка». Соответственно, прозвище Šeptelis или Šeptilis мог получить человек, который делал щётки, торговал ими или, возможно, имел жёсткие, торчащие волосы — по аналогии со щетиной. Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: связь с глаголом šepėti — «шептать», «бормотать». Однако для литовской ономастики связь с ремеслом или предметом быта типичнее, чем с действием.

Если рассматривать географию, то фамилия Šeptilis (или её вариант Šepetys) встречается в основном на востоке Литвы, в исторической Аукштайтии. В XIX веке, после отмены крепостного права, многие литовские крестьяне получили постоянные фамилии именно по прозвищам — по занятию, внешности или месту жительства. Шептилис, скорее всего, из их числа: предок был мастеровым, щёточником.

В русскоязычной среде фамилия могла подвергнуться адаптации: окончание -ис иногда отбрасывали, и фамилия превращалась в Шептиль или Шептилев. Но форма Шептилис сохранила исходный литовский облик. Это редкий случай, когда фамилия не русифицировалась вплоть до конца XIX — начала XX века, что говорит о позднем или неполном переходе в русскую культурную среду.