Фамилия Шеркенова — женская форма, мужской вариант — Шеркенов. В её основе лежит тюркское имя или прозвище Шеркен, которое, скорее всего, восходит к двум корням: «шер» (лев, тигр, могучий, храбрый) и «кен» (широкий, просторный, либо уменьшительный аффикс). Таким образом, имя Шеркен могло означать «подобный льву», «широкий, как лев» или «львёнок». В тюркской ономастике компонент «шер» встречается в именах Шермухаммед, Шерали, а «кен» — в именах Еркен, Кенжебай.

Фамилия образована по русской модели: к основе Шеркен добавили патронимический суффикс -ов, что типично для фамилий, возникших в среде народов Поволжья, Казахстана и Средней Азии после вхождения в состав Российской империи. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Шеркена» или «из рода Шеркена». Окончание -а в женской форме — грамматический показатель рода, не меняющий смысла.

Географически фамилия Шеркенова встречается преимущественно в Казахстане, а также среди казахов, живущих в России (Астраханская, Оренбургская области, Алтай). Встречаются единичные носители в Узбекистане и Киргизии. Это относительно редкая фамилия: в базах данных российских загсов зафиксировано не более нескольких сотен человек с такой фамилией.

С точки зрения социального контекста, фамилия Шеркенов — поздняя, оформившаяся не ранее второй половины XIX века, когда у казахов начали массово фиксировать фамилии по русскому образцу. До этого люди пользовались личными именами и отчествами (например, Шеркен-улы — «сын Шеркена»). Поэтому предки носителей фамилии были, скорее всего, скотоводами или земледельцами, а само имя Шеркен могло быть дано ребёнку как пожелание силы и смелости.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, можно заметить, что в казахской среде часто встречается вариант Шеркин (с суффиксом -ин, что тоже возможно, но менее типично для тюркских основ), а также Шеркешов, Шеркебаев. Фамилия Шеркенова стоит особняком благодаря редкой комбинации корней, не образующей слова в современном казахском языке, что указывает на её архаичное или диалектное происхождение.