Фамилия Шерункова — женская форма, мужская — Шерунков. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Шерунок. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов-/-ев- указывает на принадлежность («чей?»), то есть Шерунков — сын Шерунка или человек из семьи Шерунка. Это типичная русская фамилия, возникшая в крестьянской или посадской среде не позднее XVII века, когда отчества на -ов закрепились как наследственные.

Корень — «шерун» или «шерунок» — неочевиден и допускает несколько толкований. Наиболее вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «шерунить» — шероховатить, делать неровным, царапать. В таком случае Шерунком могли прозвать человека с шершавой кожей, рябого, либо того, кто занимался обработкой дерева или камня, оставляя поверхность негладкой. В русских говорах встречается и слово «шерун» в значении «ерш» — колючая рыба, что тоже могло стать прозвищем неуживчивого, колкого человека.

Менее распространённая гипотеза — связь с тюркскими языками, где «шер» означает «лев». Однако суффикс -унок нехарактерен для тюркских заимствований в русских фамилиях, а сама основа «шерун» в тюркских наречиях не фиксируется. Поэтому версия с русским диалектным корнем выглядит убедительнее.

География фамилии сосредоточена в центральных и северных областях России: встречается в Вологодской, Костромской, Кировской областях. В этих местах слово «шерунить» бытовало в крестьянском обиходе. Социально предки Шерунковых — скорее всего, ремесленники или земледельцы, получившие прозвище по внешности или характеру.

Интересная деталь: фамилия Шерунков — редкая, её нет в массовых списках дворянских родов, что подтверждает её простонародное происхождение. В документах XIX века она изредка встречается в метрических книгах как Шерунковъ, с твёрдым знаком на конце, что типично для дореволюционного написания.