Именования, образованные по той же модели, что и фамилия Шешиков, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого). Фамилия Шешиков происходит от имени Шешик, которое представляет собой диалектный вариант монгольского имени Шешек. В свою очередь, имя Шешек имеет в древнетюркском языке значение «цветок». Вероятно, родители, нарекли ребенка именем Шешик с пожеланием, чтобы их сын вырос красивым и здоровым человеком. Таким образом, потомок человека, которого звали Шешик, со временем получил фамилию Шешиков.