Фамилия Шестяева — женская форма, мужской вариант — Шестяев. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Шестяй. Оно, в свою очередь, восходит к числительному «шесть» или к слову «шест». Разные корни дают две версии происхождения.

Первая и самая вероятная: Шестяй — это прозвище шестого ребенка в семье. В русских деревнях до массового распространения фамилий детей часто называли по порядку рождения: Первой, Второй, Третьяк, Четвертак, Пятак, Шестак, Семой. Имя Шестяй могло быть уменьшительно-ласкательным вариантом от Шестак. Такого человека в документах могли записать как Шестяй, а его сыновья получали отчество Шестяев — «чей?» — «Шестяев сын». Со временем отчество закрепилось как фамилия.

Вторая версия, менее распространенная, связывает прозвище с профессией. Шестяем могли называть человека, который делал шесты, торговал ими или был очень высоким и худым, похожим на шест. В говорах слово «шест» имело и переносное значение — долговязый человек. В этом случае фамилия — прозвище по внешности или роду занятий.

Суффикс -ев в окончании указывает на принадлежность: Шестяев буквально означало «маленький Шестяй» или «сын Шестяя». Модель образования типична для русских фамилий, возникших в крестьянской среде в XV–XVII веках. Фамилия недворянская, не книжная — она выросла из бытового прозвища, что делает её типичным примером «народной» ономастики.

Географически фамилия Шестяев встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской, Архангельской и Костромской областях. В этих местах числительные имена были особенно популярны. Встречаются и однокоренные фамилии: Шестаков, Шестериков, Шестопалов, но Шестяев стоит несколько особняком — редкая форма с суффиксом -яй, который придаёт прозвищу уменьшительный или пренебрежительный оттенок. Словарь Б. Унбегауна фиксирует такие формы как характерные для севернорусских говоров.

Если ваши предки носили фамилию Шестяевы, скорее всего, они были крестьянами или посадскими людьми, а родоначальник либо был шестым сыном, либо выделялся ростом и статью. Точнее определить помогли бы архивные записи конкретной губернии.