Фамилия Шибаков восходит к прозвищу Шибак (Шипак), образованному от слова «шип» — «колючка, игла» или глагола «шипеть» — так в старину называли человека с шипящим, шепелявым произношением. Таким образом, прозвище Шипак мог получить как человек язвительный, колючий, так им имевший проблемы с произношением отдельных звуков. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шибак, со временем получил фамилию Шибаков.