Фамилия Шибикина — женская форма, мужской вариант — Шибикин. В основе фамилии лежит прозвище Шибика, и здесь есть как минимум две версии происхождения, обе вполне убедительные.

Первая версия отсылает к диалектному глаголу «шибать» — бить, ударять, швырять, а также резко пахнуть. В северных и сибирских говорах «шибикой» могли назвать бойкого, задиристого человека, который «шибко» (то есть сильно, быстро) действует. В этом же ряду стоят фамилии Шибаев, Шибанов, Шибалов. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шибикин, то есть сын или потомок Шибики.

Вторая версия — топонимическая. В Тверской и Псковской областях есть деревни с названием Шибики, Шибикино. В таком случае прозвище давали человеку, который пришёл оттуда или жил в той местности. В пользу этой гипотезы говорит и то, что фамилия Шибикин встречается в основном на северо-западе России, особенно в Новгородской и Вологодской областях. Если бы корень был только от «шибать», география была бы шире.

Словообразовательная модель простая: основа Шибик- (усечённая форма от Шибика) плюс притяжательный суффикс -ин. В русской ономастике этот тип фамилий — самый массовый, он охватывает примерно треть всех русских фамилий. По сути, Шибикины — это «дети» некоего Шибики, который мог быть либо задирой, либо выходцем из конкретной деревни.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются связать с тюркским «шибик» (ветка, прут), но это маловероятно: суффикс -ин и география бытования указывают на чисто русское, северное происхождение. Сословного барьера у фамилии не было — Шибикины встречались и среди крестьян, и среди мещан, и в духовном сословии.