Фамилия Шибайкина — женская форма мужской фамилии Шибайкин, которая образована по простой и прозрачной модели: прозвище Шибайка плюс притяжательный суффикс -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шибайкин буквально означал «сын Шибайки» или «человек из рода Шибайки». В русской ономастике это одна из самых распространённых моделей для фамилий, образованных от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Ключ к разгадке — само прозвище Шибайка. Оно происходит от глагола «шибать» — бить, ударять, кидать, бросать. В диалектах, особенно северных и сибирских, «шибай» — это не просто бросок, а резкий удар, оплеуха или пощёчина. Прозвище Шибайка могли дать человеку вспыльчивому, драчливому, скорому на руку, либо же, наоборот, тому, кто метко кидал камни или палки. В некоторых говорах «шибай» означало «ловкач» или «пройдоха» — тот, кто умеет «отшибить» своё. Таким образом, фамилия рисует портрет предка: скорее всего, это был человек с крутым нравом или недюжинной физической силой.

Географически фамилия Шибайкин (и, соответственно, Шибайкина) встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской областях, а также в Поволжье. Это подтверждает диалектную природу прозвища: именно в этих регионах глагол «шибать» и его производные были особенно употребительны. Встречаются и однокоренные фамилии — Шибаев, Шибалов, Шибанов, но Шибайкин стоит особняком благодаря суффиксу -к- в основе. Этот суффикс часто придавал прозвищу уменьшительно-пренебрежительный или просторечный оттенок: Шибайка — не просто «шибающий», а «шибанутый», «задира», «шибкий малый».

В сословном плане носители фамилии Шибайкины, судя по архивным данным, чаще всего относились к крестьянам и мещанам. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что логично: прозвище слишком бытовое и простонародное, чтобы стать основой для герба. Встречаются записи о Шибайкиных среди государственных крестьян Архангельской губернии и посадских людей в городах Вятской губернии.

Есть и более редкая версия, связывающая прозвище с тюркским корнем «шибан» (так называли одно из монгольских племён, а также имя хана Шибана). Но она сомнительна: русская фамилия Шибайкина имеет прозрачную славянскую словообразовательную цепочку, и привлекать тюркскую этимологию без веских диалектных оснований не стоит. Правдоподобнее всего, что фамилия чисто русская, возникла в среде, где «шибать» было обычным словом, а «Шибайка» — прозвищем для бойкого или драчливого человека.