Фамилия Шибуня — редкий случай, когда суффиксальный «отпечаток» региона почти не читается, а корень заставляет гадать. В отличие от массовых фамилий на -ов или -ин, эта стоит особняком: окончание -я типично скорее для украинских, белорусских и польских фамилий, но сама основа звучит иначе.

Самое правдоподобное объяснение — прозвище от глагола «шибать». В русских говорах «шибать» означало «бить, ударять», «бросать», а также «пахнуть» (отсюда «шибает в нос»). Шибуней могли назвать драчуна, задиру, человека с резкими движениями или, в переносном смысле, того, кто «бьёт» словом — остряка или грубияна. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным «шибеник» (сорванец, озорник) — в этом случае Шибуня могло быть ласкательно-ироничным домашним прозвищем.

Словообразовательная модель проста: основа «шиб-» плюс суффикс -ун- (как в «болтун», «говорун»), который придаёт значение деятеля. Затем к этой основе добавилось уменьшительное окончание -я, характерное для украинских и белорусских фамилий-прозвищ (сравните: Гуля, Маруня). Таким образом, Шибуня — это не столько «сын Шибуна», сколько сам Шибуня, человек, которого так прозвали за характер или поведение.

География фамилии подсказывает западнорусские и украинские земли. Встречается она в основном на Смоленщине, в Брянской области и на востоке Украины — в тех краях, где исторически пересекались северные и южные диалекты. В дворянские родословные книги фамилия не попала: носителями её были крестьяне и мещане. Встретить Шибуню в старых документах — редкость, чаще она фиксируется в метрических книгах XIX века как прозвищная фамилия, ещё не устоявшаяся в написании.

Спорных версий здесь немного. Иногда фамилию пытаются вывести от личного имени Шибан (татарского происхождения), но это натяжка: Шибан дал бы фамилию Шибанов или Шибаня, а не Шибуня. Фонетика «Шибуня» слишком близка к глагольной основе, чтобы искать экзотические корни.