Фамилия Шиганбаев образована от имени Шиганбай, состоящего из двух частей: «шиган» и «бай». Первая из них берет начало от древнетюркского нарицательного «шиган» со значением «холм». Вторая часть имени Шиганбай восходит к существительному «бай», которое в переводе с древнетюркского означает «богатый человек», «хозяин». Таким образом, именование Шиганбай можно трактовать как «владелец холма». Таким образом, потомок человека, которого звали Шиганбай, со временем получил фамилию Шиганбаев. Сведения о представителях фамилии Шиганбаевых содержатся в различных документах XX века. Так, в некоторых из них можно найти упоминания о Абильгазы Шиганбаеве, родившемся в 1877 году в ауле №3 Амангельдинского района Кустанайской области.