Фамилия Шиганина — женская форма, а мужская, Шиганин, образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от основы через суффикс -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Шиганин буквально значит «сын Шигани» или «человек из рода Шигани». Основа здесь — некалендарное личное имя или прозвище Шигана. Вопрос в том, что оно означало.

Самая вероятная версия связывает прозвище с тюркскими корнями. В татарском и башкирском языках слово «шигана» (или «шыгана») означает «бедняк», «нищий», «бродяга». В русских говорах, особенно в Поволжье и Приуралье, где веками шло смешение с тюркским населением, такое прозвище могли дать человеку небогатому, одинокому или странствующему. Не стоит думать, что это было оскорблением — в крестьянской среде прозвища часто фиксировали социальное положение или образ жизни без негативного оттенка, просто как отличительный признак.

Вторая, менее распространённая гипотеза производит Шигану от глагола «шигать» — в некоторых диалектах так говорят о резком движении, ударе или даже о быстрой, порывистой походке. Тогда прозвище могло характеризовать человека живого, торопливого или вспыльчивого. Но эта версия слабее: глагол редкий, а фамилия явно тяготеет к ареалу русско-тюркского пограничья.

Географически фамилия Шиганин встречается не повсеместно, а сгустками: заметна в Татарстане, Башкортостане, в Ульяновской и Самарской областях. Это прямо указывает на среду возникновения — бывшие казанские и симбирские земли, где бок о бок жили русские крестьяне и татары. Фамилия недворянская, нестарая: скорее всего, оформилась в XVIII–XIX веках, когда крепостным и государственным крестьянам массово закрепляли фамилии по прозвищам.

Однокоренных фамилий немного: Шиганов — та же модель, но с суффиксом -ов, который в русском языке конкурирует с -ин. Шиганов мог возникнуть в той же среде, но чуть позже или в другой местности. Шиганина — вариант, который нередко встречается в документах именно как женская форма, но в быту могла закрепиться и как неизменяемая фамилия у женщин.

Таким образом, предки современных Шиганиных — скорее всего, крестьяне или посадские люди из районов смешанного русско-тюркского населения, получившие прозвище по своему положению или характеру. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не известно, но это типичная «фамилия из народа», которая хранит память о быте и языке тех мест, где её носили.