Фамилия Шиголаков — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее, чем разбор корня. Она почти наверняка ведет в Сибирь, а точнее — в среду хакасов или шорцев, где фамилии на -ов часто образовывали от местных прозвищ и имен. Основа «Шиголак» (или «Шыголак») в тюркских языках может иметь два значения. Первое — уменьшительная форма от имени или прозвища, связанного со словом «шығу» (выходить, появляться). Второе — прозвище человека с характерной внешностью или походкой, где корень восходит к диалектному «шығаң» (кривой, косой). В любом случае, исходное слово не славянское, а тюркское.

Суффикс -ов указывает на типичную модель патронимической фамилии: Шиголак — так звали главу семьи, а его потомки стали Шиголаковыми. Интересно, что в русской традиции эта фамилия закрепилась относительно поздно, в конце XIX — начале XX века, когда коренные народы Сибири массово получали русские фамилии по отцу. До этого у хакасов и шорцев не было наследственных родовых имен в современном понимании.

Встречается фамилия и у русских старожилов Сибири. В таком случае «Шиголак» могло быть прозвищем, данным пришлому человеку от местных тюркоязычных соседей. Русские переселенцы нередко получали бытовые клички на местном наречии, которые потом превращались в фамилии. Прямых аналогов в европейской части России у Шиголаковых нет — это чисто сибирский антропоним.

Споров о происхождении корня немного, но есть одна путаница. Иногда фамилию ошибочно связывают с русским словом «шигать» (кричать, визжать) или с диалектным «шигола» (неряха). Эти версии слабые: суффикс -ак не характерен для русских прозвищ в таких значениях, а тюркское объяснение и географически, и лингвистически убедительнее. Фамилия не дворянская, не купеческая — её носителями были крестьяне, охотники и скотоводы Южной Сибири.