Фамилия Шиголина — женская форма мужской фамилии Шиголин. В русской традиции фамилии на -ин образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я, и указывали на принадлежность человеку: «чей?» — «Шиголин», то есть сын или потомок Шиголи. Сама основа восходит к прозвищу Шигола.

Прозвище Шигола — редкое. Вероятнее всего, его связывают с диалектным словом «шигать» или «шигнуть» — в разных говорах это означало «бросать», «кидать», а также «колоть», «жалить». Отсюда Шиголой могли назвать человека быстрого, резкого в движениях, или, напротив, того, кто любил подкалывать, язвить. В псковских и тверских говорах «шига» — это ещё и задира, озорник. Таким образом, Шиголин — потомок Шиголы, прозванного за характер или манеру поведения.

Менее убедительна версия о связи с тюркским корнем «шиг», означающим «дальний», «крайний». Если бы фамилия имела тюркские истоки, она, скорее всего, закрепилась бы в форме Шигаев или Шигутов, а суффикс -ин в данном случае указывает на славянскую, преимущественно севернорусскую модель образования. Встречается фамилия в Вологодской, Архангельской областях и в Поволжье — в зоне бытования северных и среднерусских говоров.

С точки зрения словообразования, фамилия Шиголина стоит в одном ряду с такими редкими фамилиями, как Шигалов, Шигунов, Шигин. Все они образованы от коротких прозвищ, которые в документах XVI–XVII веков встречаются единично. В переписных книгах не зафиксировано массового распространения Шиголиных, что говорит о локальном происхождении фамилии, скорее всего, от одного рода.

Сословная принадлежность Шиголиных неоднородна: в XIX веке носители фамилии встречались и среди крестьян (особенно в Вологодской губернии), и среди мещан в уездных городах. Фамилия не дворянская, герба не имеет.