Фамилия Шихалдин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней сразу обращает на себя внимание суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей сын?» — Шихалдин, то есть сын Шихалды. Значит, ключ к разгадке — в прозвище или имени Шихалда.

Самая вероятная версия связывает основу с тюркским миром. Слово ших (или шах, шаих) в тюркских и арабо-тюркских языках означает «старшина», «старейшина», «наставник», «святой». Это был не столько титул, сколько уважительное обращение к духовному лицу или почтенному человеку. Вторая часть — -алды — может восходить к тюркскому глагольному корню со значением «взял», «получил». Таким образом, прозвище Шихалда могло означать «взявший (получивший) звание шихa» или «принявший сан». Человек с таким прозвищем, скорее всего, имел отношение к мусульманскому духовенству или был просто очень уважаемым старцем.

В русской среде фамилия могла закрепиться в среде служилых людей или крестьян, которые контактировали с татарами, башкирами или другими тюркскими народами. Нередко подобные прозвища давали русским, перенявшим восточные обычаи или служившим в «инородческих» полках. Встречается фамилия в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, где исторически было сильное тюркское влияние.

Менее распространённая версия — от крестильного имени. Но в православных святцах имени Шихалда нет, а в дохристианских славянских именах такой корень не встречается. Поэтому тюркская основа остаётся основной.

Поскольку фамилия редкая, её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких компактных родов. Сословная принадлежность могла быть разной: от государственных крестьян до купцов и мещан. Точных данных о массовом дворянском роде Шихалдиных нет.