Фамилия Шихмуратов образована по самой распространённой в русской ономастике модели — от имени или прозвища с помощью суффикса -ов. Основа здесь сложная: «Шихмурат». Это тюркское двусоставное имя, где первая часть «ших» восходит к арабскому «шейх» — старейшина, почтенный человек, духовный наставник. Вторая часть — «мурат» (араб. «Мурад») — означает «желанный», «цель», «стремление». Вместе имя Шихмурат можно перевести как «почтенный Мурат» или «желанный старейшина». Такие составные имена были особенно популярны у тюркских народов Поволжья и Кавказа, где к традиционному мусульманскому имени добавляли уважительный титул.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия складывалась в русской языковой среде. Носитель фамилии Шихмуратов — потомок человека по имени Шихмурат. Фамилия типична для татар, башкир, кумыков и других тюркоязычных народов России, но встречается и у русских, в чьих родословных были тюркские корни. Географически фамилия чаще всего фиксируется в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах, где веками жили тюркские общины.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, образованных от односложных имён (Иванов, Петров), основа «Шихмурат» — четырёхсложная, что для русской фамилии редкость. Это говорит о позднем закреплении фамилии (XIX — начало XX века), когда в паспортную систему вносили полные имена, а не сокращённые прозвища. Сословно Шихмуратовы могли быть как крестьянами, так и купцами или духовными лицами — титул «шейх» в основе имени намекает на возможную связь предка с исламским образованием или руководством общиной, но это лишь косвенное указание, а не доказательство.

В написании фамилии возможны варианты: Шихмуратов, Шехмуратов, Шихмуратов. Встречается также форма без конечного -ов — просто Шихмурат, но она редка и характерна для современных паспортных записей у некоторых народов Северного Кавказа.