Фамилия Шихотова — женская форма фамилии Шихотов, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени далёкого предка. Основа «Шихот» или «Шихота» звучит необычно для русского уха, и здесь возможны два основных пути, причём один из них ведёт на восток.

Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках, особенно татарском и башкирском, слово «ших» (или «шейх») означает духовного наставника, старца, уважаемого человека. Суффикс «-от» мог быть русским адаптирующим окончанием, превратившим восточное имя в прозвище Шихота, то есть «человек, имеющий отношение к шиху» или «похожий на шиху». В таком случае фамилия Шихотовы могли получить потомки муллы, деревенского старейшины или просто человека, которого за мудрость или возраст прозвали Шихой. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия встречается в регионах с сильным татарским и башкирским влиянием — в Поволжье, на Урале, в Оренбуржье.

Вторая, менее распространённая, но тоже возможная версия — от древнерусского нецерковного имени Ших, которое могло быть сокращённой формой от славянских имён вроде Шихман или Шихобал. Однако такие имена редки и плохо задокументированы. В этом случае корень мог быть связан с глаголом «шихать» (в диалектах — толкать, пихать), и прозвище Шихота дали бы человеку с резким, толчковым характером.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе на твёрдый согласный (Шихот) добавляется типичный суффикс принадлежности «-ов», означающий «чей?» — «сын Шихота». Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шихо́това.

Искать дворянские корни у этой фамилии не приходится — она явно крестьянская или мещанская, и её носители, вероятно, были людьми из простонародья, но с заметным прозвищем, которое передалось детям.