Фамилия Шиковка — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от распространённых фамилий на -ов или -ин, суффикс -ка сразу привлекает внимание. В русской ономастике такие фамилии чаще всего имеют украинское или белорусское происхождение, где -ка выступает уменьшительным или прозвищным формантом. Однако Шиковка может быть и искусственной семинарской фамилией, образованной от названия птицы шиковка (так в некоторых говорах называли чибиса или других мелких птиц). В этом случае фамилию могли дать в духовном училище по месту жительства или по прозвищу семинариста.

Вторая, более бытовая версия, отталкивается от прозвища Шик. В русских говорах «шик» могло означать не только щегольство, но и, например, крик, шум, ссору (сравните с «шикать»). Человек с громким голосом или скандальным характером мог получить прозвище Шик, а его потомки — фамилию Шиковка с уменьшительным оттенком. Также не исключена связь с диалектным глаголом «шиковать» — бросать, кидать, что указывало бы на подвижного или небрежного в работе человека.

Географически фамилия встречается в основном в западных регионах России и на Украине, что подтверждает её прозвищную, недворянскую природу. Сословно носители Шиковки, скорее всего, были крестьянами или мещанами. В дворянских родословных книгах эта фамилия не отмечена.

Единой и бесспорной версии нет, но наиболее правдоподобной выглядит связь с прозвищем по характеру или поведению, а не с птицей. Фамилия остаётся локальной и немногочисленной, что делает её особенно интересной для тех, кто ищет свои корни в конкретной местности.