Фамилия Шикоян — яркий пример армянской модели образования фамилий, и её разговор стоит начать именно с суффикса. Конечное -ян (в старой орфографии часто -янц) — самый распространённый армянский патронимический суффикс, означающий «принадлежащий к роду кого-либо» или «потомок». По сути, Шикоян — это «из рода Шико».

Основа фамилии — личное имя или прозвище Шико. В армянском языке это уменьшительно-ласкательная форма от имени Шираз (или от других имён, начинающихся на «Ши»), либо от слова «шик» — в диалектах означающего «изящный», «красивый», «щеголеватый». Таким образом, Шико могло быть домашним именем для ребёнка, которого родители считали нарядным или милым, либо прозвищем взрослого человека, который следил за внешностью.

В отличие от русских фамилий, которые часто фиксируют географию расселения в XVI–XVII веках, армянские фамилии в современной форме (с суффиксом -ян) массово закрепились позже — в XIX веке, в период Российской империи, когда учёт населения потребовал единообразных родовых имён. До этого армяне пользовались отчествами или названиями по месту жительства. Поэтому Шикоян — фамилия сравнительно молодая с точки зрения документального оформления, но её корни уходят в бытовую ономастику, где личное имя Шико могло бытовать веками.

С точки зрения социального контекста, фамилия не указывает на конкретное ремесло или сословие. Она не содержит суффикса, привязанного к профессии (как -пет в фамилиях мастеров). Шикоян — чисто родовая фамилия, которая говорит о том, что предок носителя был просто человеком по имени Шико. Никаких спорных версий здесь нет: все ономасты сходятся на патронимическом происхождении от личного имени.

Встречается фамилия в основном у армян, живших на территории бывшей Российской империи — в Закавказье, а также в диаспорах. Вариант с ударением на последний слог (Шикоя́н) — норма для русского произношения, хотя в армянском ударение обычно падает на последний слог. Написание через «и» (а не «ы») — единственно верное, так как в армянском языке нет звука «ы» в этой позиции.